讲座信息
9.24 | 数据挖掘和人工智能在抗癌药研发中的应用
2019.09.19
演讲者 Xihao Hu
头衔职位 寻百会公司首席科学家
时间 2019 年 9 月 24 日上午 10:00-11:00
地点 复旦大学邯郸校区老逸夫楼 604
承办单位 上海市智能信息处理重点实验室
联系人 朱山风,zhusf@fudan.edu.cn

演讲简介

被切除的癌症样本中除了癌细胞,还有大量的免疫细胞,其中就包括 T 细胞和 B 细胞。B 细胞可以识别不同的抗原并分泌出大量的抗体参与到抗癌反应中。我们通过重新分析公共的癌症 RNA 高通量测序数据,得到了几百万个抗体序列。通过序列比对,我们发现了广泛的 B 细胞家族,其中含有大量特定位点的变异 (Somatic hypermutations),代表了 B 细胞结合力成熟的天然过程。同时,通过分析抗体的 Fc 区域,我们发现很多 B 细胞家族中都有不同类型的 Fc 同种型变换 (Isotype switch)。通过进一步研究基于抗体的 NK 细胞免疫逃逸机制,我们发现不同类型 B 细胞的比例对于癌症病人的预后有相关性。在以上工作发表到 Nature Genetics 之后,我们进一步采用深度学习的方法来分析抗癌抗体和抗原的关系。通过迁移学习,我们发现由 RNA 数据学习的模型可以准确地预测市场上最好的三种 anti-PD1 抗体药的亲和力。基于此模型,我们预测并合成了新的抗体序列,并将其打入到老鼠的癌症模型中。强有力的 in vitro 和 in vivo 结果显示,通过大数据挖掘和人工智能,我们寻百会公司的技术平台可以很高效地得到全人源的抗体药物。

关于讲者

胡熙浩博士于 2015 年在香港中文大学获得博士学位,后在哈佛大学 Dana-Farber 刘小乐教授实验室完成了博士后的研究,现在是寻百会公司的首席科学家。胡博士有十多年的生物信息研究史,精通机器学习和生物统计建模,发表了 20 篇期刊文章,包括 Nature Genetics, Nature Biotechnology, Nucleic Acids Research, Bioinformatics 等主流期刊。2009 年,胡熙浩代表复旦大学获得了免疫机器学习大赛 (Machine Learning in Immunology) 中 HLA-peptide 结合预测的单项第一名。2019 年,胡博士被致力于发展免疫疗法的 Parker Institute 评为 Parker Scholar,并评价为 “癌症免疫疗法领域的新星”。
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